张秋玉,陈晶,周雪妹,龚汉雨,余光辉.莼菜不同组织内生细菌多样性的比较分析[J].中南民族大学学报自然科学版,2022,41(3):285-291
莼菜不同组织内生细菌多样性的比较分析
Diversity of entophytic bacteria in different tissues of Brasenia schreberi
  
DOI:10.12130/znmdzk.20220305
中文关键词: 莼菜  内生细菌  多样性  生态位  功能预测
英文关键词: Brasenia schreberi  entophytic bacteria  diversity  ecological niche  functional prediction
基金项目:国家自然科学基金资助项目(31270361);中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(CZZ21004)
作者单位
张秋玉 中南民族大学 生命科学学院 & 中国莼菜研究所 & 武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室武汉 430074 
陈晶 中南民族大学 生命科学学院 & 中国莼菜研究所 & 武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室武汉 430074 
周雪妹 中南民族大学 生命科学学院 & 中国莼菜研究所 & 武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室武汉 430074 
龚汉雨 中南民族大学 生命科学学院 & 中国莼菜研究所 & 武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室武汉 430074 
余光辉 中南民族大学 生命科学学院 & 中国莼菜研究所 & 武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室武汉 430074 
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中文摘要:
      为研究莼菜内生细菌的多样性,挖掘莼菜的内生细菌资源, 采用Illumina MiSeq高通量二代测序技术对莼菜不同组织及水样进行了Alpha、Beta多样性分析,分析细菌群落的结构组成以及对比KEGG数据库进行内生细菌菌群基因功能预测. 莼菜样品和水样中获得16S rRNA基因V3-V4区高质量序列1124709条,1391个细菌OTUs隶属于21个门和399个属. 分析结果表明:莼菜内生细菌的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes),水样和莼菜组织间共有29个共有菌属,占内生细菌所有种类的7.27%. PICRUSt2功能预测发现内生细菌菌群共有34个子功能,菌群功能丰富,代谢为最主要的功能. 莼菜茎的内生细菌多样性大于其他组织,且不同组织均有各自特异的菌属,推测植物组织结构可能会促进内生细菌选择合适的组织生态位为植物体提供动力.
英文摘要:
      To study the diversity of the endophytic bacteria of Brasenia schreberi, and to explore the resources of endophytic bacteria of Brasenia schreberi, the Illumina MiSeq high-throughput sequencing technology was used to analyze the Alpha and Beta diversity of different tissues and water samples of Brasenia schreberi, analyze the structural composition of the bacterial community, and compare the KEGG database to predict the endophytic flora gene function. The results showed that 1124709 high-quality sequences of 16S rRNA gene V3-V4 regions were obtained from Brasenia schreberi samples and water samples, and 1391 bacterial OTUs belonged to 21 phyla and 399 genera. The analysis results showed that the dominant bacterial groups of Brasenia schreberi endophytes were Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Bacteroidetes, shared between water samples and the tissues of Brasenia schreberi. There are 29 common bacterial genera, accounting for 7.27% of all endophytes. PICRUSt2 function prediction found that the endophytic bacterial flora has a total of 34 sub-functions. The bacterial flora has rich functions, and metabolism is the most important function. The diversity of endophytes in stems is greater than that of other tissues, and different tissues have their own specific bacterial genera. The influence of plant tissue structure may promote endophytes to select appropriate tissue niches to provide power for plants.
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